1. Trình tự thực hiện: 
Bước 1. Chuẩn bị hồ sơ:
Tổ chức, cá nhân chuẩn bị hồ sơ theo quy định của pháp luật.
Bước 2. Tiếp nhận hồ sơ của cá nhân, tổ chức:
Tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ và nộp phí thẩm định hồ sơ tại Sở Tài nguyên và Môi trường Thanh Hóa.
1. Địa điểm tiếp nhận: Bộ phận Tiếp nhận hồ sơ và Trả kết quả của Sở Tài nguyên và Môi trường tại Trung tâm Hành chính công tỉnh Thanh Hoá (số 28 Đại lộ Lê Lợi, phường Điện Biên, thành phố Thanh Hoá).
2. Thời gian tiếp nhận: Trong giờ hành chính các ngày từ thứ 2 đến thứ 6 (trừ các ngày Lễ, Tết theo quy định).
3. Những điểm cần lưu ý khi tiếp nhận hồ sơ:
a) Đối với cá nhân, tổ chức: Không.
b) Đối với cơ quan tiếp nhận hồ sơ: 
* Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm xem xét, kiểm tra hồ sơ.
- Trường hợp hồ sơ không hợp lệ, Sở Tài nguyên và Môi trường thông báo cho tổ chức, cá nhân đề nghị cấp phép để bổ sung, hoàn thiện hồ sơ theo quy định.
- Trường hợp hồ sơ sau khi đã bổ sung mà vẫn không đáp ứng yêu cầu theo quy định thì Sở Tài nguyên và Môi trường trả lại hồ sơ và thông báo rõ lý do cho tổ chức, cá nhân đề nghị cấp phép.
* Viết Giấy biên nhận hồ sơ của tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ.
Bước 3. Xử lý hồ sơ của cá nhân, tổ chức:
Thẩm định hồ sơ và quyết định cấp phép:
Kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm thẩm định hồ sơ; nếu đủ điều kiện để cấp lại giấy phép thì trình Ủy ban nhân dân tỉnh. Trường hợp không đủ đều kiện, Sở Tài nguyên và Môi trường trả lại hồ sơ cho tổ chức, cá nhân và thông báo lý do.
Bước 4. Trả kết quả:
- Sở Tài nguyên và Môi trường thông báo cho tổ chức, cá nhân đề nghị cấp phép để thực hiện nghĩa vụ tài chính và nhận giấy phép.
- Tổ chức, cá nhân xuất trình Giấy biên nhận hồ sơ và nhận kết quả.
1. Địa điểm trả kết quả: Bộ phận Tiếp nhận hồ sơ và Trả kết quả của Sở Tài nguyên và Môi trường tại Trung tâm Hành chính công tỉnh Thanh Hoá (số 28 Đại lộ Lê Lợi, phường Điện Biên, thành phố Thanh Hoá).
2. Thời gian trả kết quả: Trong giờ hành chính các ngày từ thứ 2 đến thứ 6 (trừ ngày nghỉ Lễ, Tết theo quy định).
2. Cách thức thực hiện: 
a) Nộp hồ sơ: Tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ về Sở Tài nguyên và Môi trường Thanh Hóa.
b) Trả kết quả giải quyết thủ tục hành chính: Sở Tài nguyên và Môi trường trả lại hồ sơ cho tổ chức, cá nhân đề nghị cấp lại và thông báo lý do không cấp lại (đối với trường hợp hồ sơ không đủ điều kiện cấp lại); thông báo nghĩa vụ tài chính và trả giấy phép (đối với trường hợp đủ điều kiện cấp lại).
3. Thành phần, số lượng hồ sơ: 
a) Thành phần hồ sơ: 
- Đơn đề nghị cấp lại giấy phép: Mẫu 11 Thông tư số 27/2014/TT-BTNMT.
- Tài liệu chứng minh lý do đề nghị cấp lại giấy phép.
 b) Số lượng hồ sơ: 02 (bộ).
4. Thời hạn giải quyết: 
- Thời hạn kiểm tra hồ sơ: Trong thời hạn năm (05) ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ, Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm xem xét, kiểm tra hồ sơ.
- Thời hạn thẩm định hồ sơ: Trong thời hạn mười (10) ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm thẩm định hồ sơ.
- Thời hạn trả giấy phép: Trong thời hạn năm (05) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được giấy phép của Ủy ban nhân dân tỉnh, Sở Tài nguyên và Môi trường thông báo cho tổ chức, cá nhân đề nghị cấp phép để thực hiện nghĩa vụ tài chính và nhận giấy phép.
5. Đối tượng thực hiện thủ tục hành chính: Tổ chức, cá nhân.
6. Cơ quan thực hiện thủ tục hành chính:
a) Cơ quan có thẩm quyền quyết định: UBND tỉnh Thanh Hoá.
b) Cơ quan trực tiếp thực hiện: Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Thanh Hóa.
7. Kết quả thực hiện thủ tục hành chính: Giấy phép thăm dò nước dưới đất/Khai thác, sử dụng tài nguyên nước/Xả nước thải vào nguồn nước.
8. Phí thẩm định:
- Đối với trường hợp cấp lại giấy phép thăm dò nước dưới đất đối với công trình có lưu lượng dưới 3.000 m³/ngày đêm: 
Mức thu bằng 30% mức quy định dưới đây:
+ Đối với thiết kế giếng thăm dò có lưu lượng dưới 200 m3/ngày đêm: 300.000 đồng/báo cáo.
+ Đề án thăm dò có lưu lượng từ 200 đến dưới 500 m3/ngày đêm: 800.000 đồng/báo cáo.
+ Đề án thăm dò có lưu lượng từ 500 đến dưới 1000 m3/ngày đêm: 2.000.000 đồng/báo cáo.
+ Đề án thăm dò có lưu lượng từ 1000 đến dưới 3000 m3/ngày đêm: 3.500.000 đồng/báo cáo.
- Đối với trường hợp cấp lại giấy phép khai thác, sử dụng nước dưới đất đối với công trình có lưu lượng dưới 3.000 m³/ ngày đêm:
Mức thu bằng 30% mức quy định dưới đây:
+ Đối với báo cáo kết quả thi công giếng thăm dò có lưu lượng dưới 200 m3/ngày đêm: 300.000 đồng/báo cáo.
+ Báo cáo kết quả thăm dò đánh giá trữ lượng nước dưới đất có lưu lượng từ 200 đến dưới 500 m3/ngày đêm: 1.000.000 đồng/báo cáo.
+ Báo cáo kết quả thăm dò đánh giá trữ lượng nước dưới đất có lưu lượng từ 500 đến dưới 1000 m3/ngày đêm: 2.500.000 đồng/báo cáo.
+ Báo cáo kết quả thăm dò đánh giá trữ lượng nước dưới đất có lưu lượng từ 1000 đến dưới 3000 m3/ngày đêm: 4.000.000 đồng/báo cáo.
- Đối với trường hợp cấp lại giấy phép khai thác, sử dụng nước mặt cho sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản với lưu lượng dưới 2m3/giây; phát điện với công suất lắp máy dưới 2.000 kw; cho các mục đích khác với lưu lượng dưới 50.000 m3/ngày đêm; cấp giấy phép khai thác, sử dụng nước biển cho mục đích sản xuất, kinh doanh, dịch vụ với lưu lượng dưới 100.000 m3/ngày đêm:
Mức thu bằng 30% mức quy định dưới đây:
+ Đề án, báo cáo khai thác sử dụng  nước mặt cho sản xuất nông nghiệp với lưu lượng dưới 0,1 m³/s; hoặc để phát điện với công suất dưới 50 kw; hoặc cho các mục đích khác với lưu lượng dưới 500m³/ngày đêm: 500.000 đồng/báo cáo.
+ Đề án, báo cáo khai thác sử dụng  nước mặt cho sản xuất nông nghiệp với lưu lượng từ 0,1 đến dưới 0,5 m³/s; hoặc để phát điện với công suất từ 50 đến dưới 200 kw; hoặc cho các mục đích khác với lưu lượng từ 500 đến dưới 3000m³/ngày đêm: 1.500.000 đồng/báo cáo.
+ Đề án, báo cáo khai thác sử dụng  nước mặt cho sản xuất nông nghiệp với lưu lượng từ 0,5 đến dưới 1 m³/s; hoặc để phát điện với công suất từ 200 đến dưới 1000 kw; hoặc cho các mục đích khác với lưu lượng từ 3000 đến dưới 20.000m³/ngày đêm: 4.000.000 đồng/báo cáo.
+ Đề án, báo cáo khai thác sử dụng  nước mặt cho sản xuất nông nghiệp với lưu lượng từ 1 đến dưới 2 m³/s; hoặc để phát điện với công suất từ 1.000 đến dưới 2.000 kw; hoặc cho các mục đích khác với lưu lượng từ 20.000 đến dưới 50.000m³/ngày đêm: 6.000.000 đồng/báo cáo.
9. Tên mẫu đơn, báo cáo tình hình thực hiện các quy định trong giấy phép: 
Đơn đề nghị cấp lại giấy phép: Mẫu 11, Thông tư số 27/2014/TT-BTNMT.
10. Yêu cầu, điều kiện cấp lại: 
Giấy phép được cấp lại trong các trường hợp sau đây:
- Giấy phép bị mất, bị rách nát, hư hỏng;
- Tên của chủ giấy phép đã được cấp bị thay đổi do nhận chuyển nhượng, sáp nhập, chia tách, cơ cấu lại tổ chức làm thay đổi chủ quản lý, vận hành công trình thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước nhưng không có sự thay đổi các nội dung khác của giấy phép.
Thời hạn ghi trong giấy phép được cấp lại là thời hạn còn lại theo giấy phép đã được cấp trước đó.
11. Căn cứ pháp lý của thủ tục hành chính:
- Luật Tài nguyên nước năm 2012;
- Nghị định số 201/2013/NĐ-CP ngày 27/11/2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Tài nguyên nước;
- Thông tư số 27/2014/TT-BTNMT ngày 30/5/2014 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định việc đăng ký khai thác nước dưới đất, mẫu hồ sơ cấp, gia hạn, điều chỉnh, cấp lại giấy phép tài nguyên nước.
- Quyết định số 4764/2016/QĐ-UBND ngày 09/12/2016 của UBND tỉnh về việc ban hành mức thu, miễn, giảm thu, nộp, quản lý và sử dụng các khoản phí, lệ phí thuộc thẩm quyền của Hội đồng nhân dân tỉnh, áp dụng trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa.
Tải toàn bộ nội dung tại đây