Đầu thế kỷ này, nhu cầu sử dụng cát xây dựng ngày càng lớn, kéo theo phương tiện, đối tượng hành nghề khai thác, tập kết, kinh doanh cát cũng gia tăng. Năm 2001, Sở Công nghiệp (nay là Sở Công Thương) đã tham mưu cho UBND tỉnh xây dựng dự thảo “Quy hoạch khảo sát, thăm dò, khai thác và sử dụng tài nguyên cát, sỏi lòng sông trên địa bàn”, chủ trì triển khai công tác lập quy hoạch. Dù vậy, không ít tỉnh thành trong cả nước gặp khó khăn, ách tắc khi thực hiện Chỉ thị 16/2002 CT-TTg của Chính phủ. Bên cạnh đó,việc quản lý loại khoảng sản này chưa thống nhất về một đầu mối, qui trình, thủ tục cấp quyền khai thác cát quá ngặt nghèo nên toàn tỉnh chỉ có doanh nghiệp Ngọc Tâm được Bộ Tài nguyên cấp phép khai thác cát. Nhiều địa phương trong tỉnh cho thuê đất, chuyển mục đích đất trái thẩm quyền, lực lượng quản lý chuyên ngành còn mỏng, sự phối hợp giữa các ngành liên quan thiếu chặt chẽ nên hoạt động khai thác, tập kết, kinh doanh cát ngoài mặt tích cực là khơi sông dòng chảy, tạo nguồn sinh kế cho hàng ngàn lao động, nhất là đồng bào sinh sống trên sông còn nảy sinh những ẩn họa khó lường. Đầu tháng 4 năm 2004, UBND tỉnh có Quyết định số 1044/2004/QĐ-UB chuyển giao chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên khoáng sản từ Sở Công nghiệp về Sở Tài nguyên và Môi trường. Thực hiện chỉ đạo của UBND tỉnh, căn cứ chức năng, nhiệm vụ được giao, Sở Tài nguyên và Môi trường tổ chức các hội nghị tập huấn cho Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện, cán bộ Địa chính cấp xã  nhằm nâng cao nhận thức hiểu biết pháp luật về tài nguyên khoáng sản- môi trường cho lực lượng thi hành công vụ và phối hợp với các cơ quan thông tin đại chúng của tỉnh mở chuyên trang chuyên mục, tăng thời lượng tuyên truyền phổ biến pháp luật, các Nghị định của Chính phủ, quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực khoáng sản đến các tầng lớp nhân dân. Thanh tra tài nguyên-môi trường chủ động phối hợp các ngành, địa phương tổ chức các đợt kiểm tra định kỳ, đột xuất nhằm ngăn chặn nạn khai thác, vận chuyển, tập kết kinh doanh cát trái phép đồng thời kiểm tra tình hình quản lý đất đai, phân định rõ trách nhiệm của UBND các xã  trong quản lý tài nguyên trong lòng sông, tham mưu cho cấp ủy, chính quyền các cấp  xử lý nghiêm các tổ chức, cá nhân buông lỏng quản lý, bao che cho hoạt động khai thác, kinh doanh cát trái phép.  Từ tháng 9 năm 2005, Sở Tài nguyên và Môt trường chủ trì thành lập đoàn kiểm tra hoạt động cát, sỏi lòng sông trên địa bàn các huyện: Vĩnh Lộc, Hoằng Hoá; Yên Định; Thiệu Hoá. Tại thời điểm kiểm tra, hoạt động khai thác, kinh doanh cát trái phép trên địa bàn rất phức tạp. Hoạt động khai thác cát chủ yếu bằng tàu, thuyền có tính cơ động cao, vị trí ranh giới các xã ven sông thường được phân chia theo dòng chảy do vậy trên cùng một đoạn sông thuộc phạm vi của nhiều xã rất khó phân định trách nhiệm quản lý. Thêm nữa, thủ tục xin cấp phép khai thác cát, sỏi lòng sông liên quan đến các văn bản qui phạm pháp luật và phân cấp quản lý đê điều, giao thông thuỷ, luật xây dựng nên quá trình tổ chức thực hiện nảy sinh nhiều phức tạp. Mặt khác đối tượng khai thác trực tiếp là hộ nghèo sinh sống trên sông nên khó áp dụng các chế tài xử lý. Tiếp đó, Sở tài nguyên-môi trường tăng cường hoạt động thanh, kiểm tra thường xuyên và phối hợp với các ngành liên quan tổ chức nhiều đợt kiểm tra nhằm thiết lập trật tự, kỷ cương trong kinh doanh, khai thác cát, sỏi. UBND tỉnh Thanh Hoá chỉ đạo ngành tiến hành khảo sát, lập qui hoạch khai thác cát và có công văn yêu cầu UBND các huyện Vĩnh Lộc, Hoằng Hóa, Yên Định, Thiệu Hóa, Hà Trung, Hậu Lộc, TP Thanh Hóa phối hợp với các ngành liên quan rà soát lại việc các xã ký hợp đồng cho khai thác, thuê bến bãi trái phép, hủy bỏ các hợp đồng không đúng thẩm quyền, tăng cường quản lý nhà nước đối với hoạt đồng khai thác cát, sỏi tại các địa phương. Hàng chục cơ sở đã bị đình chỉ hoạt động, các điểm tập kết cát trái phép ở khu vực cầu cầu Hoàng Long; xã Quảng Châu,(Quảng Xương); xã Quảng Hưng Thành phố Thanh Hoá, khu vực thị xã Sầm Sơn… bị xoá bỏ.
Sau ngày Luật khoáng sản sữa đổi, bổ sung có hiệu lực thi hành, thẩm quyền cấp phép khai thác cát, sỏi mới thuộc UBND các tỉnh, thành phố. Sở Tài nguyên và Môi trường đã chủ trì, phối hợp với các ngành, UBND các huyện liên quan rà soát lại quy hoạch khảo sát, thăm dò, khai thác và sử dụng tài nguyên cát, sỏi lòng sông. UBND tỉnh đã phê duyệt, công bố qui hoạch và Sở tài nguyên-môi trường tập trung chỉ đạo, hướng dẫn các địa phương thực hiện qui hoạch.  Đến thời điểm này, UBND cho tỉnh  đã cấp giấy phép và uỷ quyền cho huyện Cẩm Thủy cấp 9 giấy phép khai thác cát với tổng sản lượng khai thác khoảng 250 nghìn m3/năm. Ngoài ra UBND tỉnh còn cấp giấy phép tạm thời cho một số đơn vị thi công công trình trọng điểm quốc gia trên địa bàn và có  hai đơn vị được tỉnh cho thuê đất để lập bến bãi tập kết, kinh doanh cát tại khu vực xã Hoằng Lý (Hoằng Hóa) và xã Quảng Châu (Quảng Xương). Sở Tài nguyên& Môi trường phối hợp với UBND các huyện, xã liên quan tiến hành bàn giao mỏ, hướng dẫn thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng, hoàn tất làm các thủ tục liên quan, tạo điều kiện thuận lợi cho các đơn vị khai thác mỏ. Dù vậy, nhu cầu xây dựng trong tỉnh đã sử dụng tới gần 4 triệu m3 cát trong năm 2009 nhưng sản lượng được cấp phép khai thác khoảng 250 nghìn m3/năm nên không cân đối nổi cung-cầu.  Ngoài ra trên các tuyến sông thường có khoảng 40 phương tiện chuyên chở, xuất bán khoảng 2.800 m3 cát ra tỉnh ngoài.  Không ít doanh nghiệp được cấp phép khai thác chưa quan tâm nhiều tới việc đầu tư phương tiện, tổ chức khai thác cát đúng vị trí được cấp phép; tổ chức, cá nhân xin cấp phép khai thác bến thủy nội địa để  mua, bán cát khai thác trái phép là chủ yếu. Thành thử, sau mỗi đợt ra quân chấn chỉnh, thiết lập trật tự kỷ cương trên lĩnh vực này, giá cát xây dựng cung ứng đến chân công trình có lúc lên tới hơn 70 nghìn đồng/m3  và hoạt đông khai thác, tập kết cát trái phép  lại tái diễn.
Đợt kiểm tra liên ngành gần đây cho thấy: Hoạt động khai thác cát, diễn ra phổ biến trên tuyến sông Mã, sông Chu, sông Lèn. Các điểm mỏ được qui hoạch nhưng chưa cấp phép đều đang bị khai thác trái phép bằng các loại máy móc, phương tiện bơm hút với qui mô khác nhau. Đối tượng khai thác chủ yếu là đầu nậu tự lập bến bãi khai thác đi kèm với tập kết kinh doanh. Lợi dụng sự quản lý lỏng lẻo của chính quyền địa phương, các đối tượng lập hợp đồng với chính quyền một số xã xin tự khai thác phục vụ nhu cầu xây dựng, hàng năm có đóng một khoản phí nhất định vào ngân sách xã. Hiện có hơn 180 bãi tập kết, kinh doanh cát dọc các bờ sông nêu trên. Vùng hạ lưu sông Mã, sông Lèn, nhất là khu vực cầu Tào, cầu Hoàng Long, xã Quảng Hưng, Quảng Châu, cầu Lèn .vv hình thành khu vực tập kết, kinh doanh cát qui mô lớn. Đặc biệt tuyến sông Lèn theo qui hoạch là nơi cần được bảo vệ nghiêm ngặt, nghiêm cấm mọi hoạt động khai thác, tập kết, kinh doanh cát sỏi nhưng nhiều đối tượng ngang nhiên lập bến bãi, tập kết cát trái phép. Cát tập kết tại các bãi chủ yếu có nguồn gốc bất hợp pháp, tổ chức kinh doanh sai qui hoạch do nhiều địa phương cho thuê đất  trái thẩm quyền hoặc tự ý chuyển đổi mục đích sử dụng đất.  Sở tài nguyên và Môi trường đã và các ngành chức năng đã xử lý hàng chục tổ chức, cá nhân vi phạm hoặc kiến nghị các cấp có thẩm quyền xử lý đồng thời tham mưu cho UBND tỉnh  chỉ đạo các ngành, huyện, thị, thành phố liên quan chấn chỉnh việc quản lý, sử dụng cát; không sử dụng cát xây dựng để san lấp mặt bằng, tránh lãng phí tài nguyên cát, tăng cường công tác quản lý,  xử lý dứt điểm các hoạt động khai thác, kinh doanh bến bãi cát trái phép trên địa bàn và hạn chế tối đa khối lượng cát vận chuyển trái phép ra tỉnh ngoài.
Để thực hiện được điều này, ngoài kiên quyết loại bỏ những doanh nghiệp không khai thác đúng điểm mỏ được cấp phép hoặc “đội lốt” tham gia hoạt động này, xử lý nghiêm những tập thể, cá nhân cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng đất trái thẩm quyền, ngoài qui hoạch,  UBND tỉnh đang chỉ đạo các ngành liên quan cùng phối hợp xây dựng, ban hành  qui chế đấu giá quyền khai thác cát, sỏi trên các lòng sông đồng thời nghiên cứu giải pháp kiềm chế hiện trạng xuất bán cát ra tỉnh ngoài. Vấn đề đặt ra là đòi hỏi cần có sự phối hợp công tác chặt chẽ hơn nữa giữa các ngành hữu quan trong tỉnh. Đối với Sở Xây dựng căn cứ tình hình thực tế tham mưu cho UBND tỉnh không sử dụng cát để san nền; tăng cường công tác quản lý về công nghiệp khai thác, chế biến khoáng sản cát làm vật liệu xây dựng trên địa bàn, quản lý chặt chẽ giá cát, sỏi, nguồn gốc cát sử dụng phục vụ các công trình; lập phương án sử dụng đất, cát làm vật liệu san nền tại các đô thị như: Thành phố Thanh Hoá, thị xã Sầm Sơn, thị trấn lưu vệ, thị trấn Bút Sơn. Sở Giao thông Vận tải chỉ đạo bộ phận liên quan tăng cường kiểm tra tình hình đăng ký, đăng kiểm, hoạt động của các tàu, thuyền lưu hành trên sông, quy hoạch khu vực neo đậu để thuận lợi cho việc quản lý. Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tăng cường công tác quản lý đê điều; kiểm tra, xử lý nghiêm các tổ chức, cá nhân vi phạm an toàn hành lang đê. Công an tỉnh cần tăng cường công tác quản lý nhà nước theo thẩm quyền, lập chuyên án xử lý các đầu nậu vận chuyển, kinh doanh cát trái phép; phối hợp với các ngành, UBND các huyện xử lý các điểm nóng về hoạt động khoáng sản cát lòng sông. Mặt khác, cần đẩy mạnh việc phân cấp, xác định rõ trách nhiệm của Chủ tịch UBND các huyện, xã trong kiểm tra, phát hiện, xử lý vi phạm đối với các hoạt động khai thác, vận chuyển, tập kết, kinh doanh cát trái phép. Nếu trên địa bàn huyện nào còn để xẩy ra tình trạng khai thác, kinh doanh cát trái phép thì Chủ tịch UBND huyện đó phải chịu trách nhiệm trước Chủ tịch UBND tỉnh.  Đặc biệt, Tỉnh uỷ Thanh Hoá cần tăng cường chỉ đạo,  kiểm tra, đôn đốc thực hiện Chỉ thị 08 của Ban Thường vụ Tỉnh uỷ về ổn định cuộc sống cho đồng bào sinh sống trên sông. Thời gian qua nhiều cấp uỷ, chính quyền địa phương đã có nhiều cố gắng trong tạo quỹ đất, hỗ trợ vốn làm nhà, tổ chức các lớp học văn hoá, dạy nghề, hướng nghiệp cho đối tượng này nhưng còn nhiều hộ chưa có đất ở, khó chuyển đổi nghề sinh kế.  Do vậy, cần tiếp tục huy động cả hệ thống chính trị, khai thác mọi nguồn lực và lồng ghép các chương trình dự án nhằm ổn cư, tạo việc làm, hỗ trợ đối tượng hành nghề sinh sống trên sông ổn định cuộc sống, góp phần xử lý triệt để hiện tượng khai thác, tập kết, kinh doanh cát sỏi trái phép, thiết lập vững chắc trật tự, kỷ cương trên lĩnh vực này.